متن پیام به این شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ئی و دفاعی كشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتكار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی كم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به خاطر تلاشهای علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه‌ی دست‌اندركاران باید به جِدّ در دستور كار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ی بخشهائی كه وی بدانها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مكرم او و به جامعه‌ی علمی كشور و به همكاران و شاگردان او در بخشهای گوناگون، شهادت او را تبریك و فقدان او را تسلیت میگویم و علو درجات او را از خداوند مسألت میكنم.

سیّدعلی خامنه‌ای
8 آذرماه 99